2006年11月，市政府批准北京市交通委员会作为举办单位成立北京市轨道交通指挥中心（简称轨指中心）。2007年3月，轨指中心正式挂牌成立。轨指中心项目总占地面积4.5公顷，总建筑面积13万平方米。轨指中心主要承担轨道交通线网运营协调与应急处置、票款清分清算与一票通卡发行管理、运营信息汇总与统计分析、运营评估评审、网络化运营设备设施系统标准化管控工作，以及研究提出有关票制票价调整意见等工作职责。
轨指中心已建成国内业内第一个集路网调度指挥与清分清算两大系统于一体的轨道交通指挥中心，其接入线路设备之多、规模之大、技术之先进在世界上位居前列。基本建立起适应网络化、多运营主体的运输新格局管理需要的调度指挥体系、客流统计与票款清分管理体系。坚持创新驱动，建立轨道交通全周期运营评估体系；以标准化为抓手，打造AFC系统的北京模式。逐步形成“综合协调、信息资源、技术人才”三大优势，为确保北京轨道交通路网安全、高效、均衡、有序运营发挥了应有的作用。
截至2018年底，全市轨道交通共22条线路，636.8公里，391座，换乘站59座。2018年轨道交通路网客运量38.48亿人次，日均1054.36万人次，同比增长1.86%，其中工作日日均1197.37万人次，同比增长2.45%，日最高客运量1349.25万人次。
